Detecção de locos de características quantitativas nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X de suínos: características de desempenho / Detection of quantitative trait loci on chromosomes 1, 2, 3, 12, 14, 15, X in pigs: performance characteristics

Mapeou-se quantitative trait loci (QTL) associados a características de desempenho nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X de suínos pertencentes a uma população F2, formada a partir do cruzamento entre dois machos da raça naturalizada brasileira Piau e 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa genético de ligação da população foi construído após a genotipagem dos animais para 35 marcadores microssatélites. As estimativas do conteúdo de informação polimórfica indicaram que os marcadores microssatélites foram adequados para as análises de QTL. Os dados foram analisados pelo mapeamento por intervalo usando-se o programa GridQTL. Encontraram-se seis QTL, sendo que o QTL genômico para idade ao abate atingiu a significância de 5% de probabilidade. As informações dos QTL detectados neste estudo são úteis para identificar genes que podem ser usados em conjunto com os métodos convencionais de seleção, aumentar a acurácia deles e prover uma compreensão dos fenótipos produtivos de suínos.

The accomplishment of the present study had the objective of mapping Quantitative Trait Loci (QTL) related to performance traits in a F2 pig population developed by mating two Brazilian Piau breed sires with 18 dams from a commercial line (Landrace × Large White × Pietrain). The linkage map for this population was constructed after genotyping the animals for 35 microsatellite markers. Estimates of polymorphic information content indicated that the microsatellite markers were appropriate for QTL analyses. The genotypes were analyzed by interval mapping using the GridQTL program. A total of six QTL were found, of which the QTL for slaughter age (days) was significant at the 5% genome-wise level. The information of the significant QTL detected in this study is useful for future fine-mapping studies for the identification of genes. Such information can be used together with traditional methods in breeding programs or even for a better understanding of the phenotypes of swine production.

Rol del sistema de genes CLOCK en las alteraciones del ritmo circadiano en pacientes con Trastorno Bipolar. Estudio de asociación genómica amplia / Role of CLOCK Genes in Circadian Rhythm Alterations, in Patients with Bipolar Disorder. Genome-wide Association Study

Introducción: Las anomalías del ritmo circadiano en el transcurso del TB ha motivado la búsqueda de anomalías en los genes CLOCK asociados a la génesis de ritmos circadianos que podrían estar involucrados en este aspecto de la compleja patología del TB. A pesar de ingentes búsquedas, no se han registrado hallazgos significativos en estudios de asociación amplia de genoma (GWAS/genome-wide association studies). Hay por lo menos 3 razones para explicar estos resultados negativos. En primer lugar el hecho de que los rasgos genéticos de patologías complejas, como es el caso del TB, son habitualmente poligénicos. En segundo término, la organización del reloj/es circadiano/s es bastante más compleja de lo que habitualmente se está dispuesto a admitir; y en tercer lugar, el riesgo genético para TB podría ser compartido entre varias patologías diferentes. Objetivos. Investigar la posibilidad de una asociación entre anomalías en las agrupaciones genéticas responsables de la generación de ritmos circadianos y TB, para lo cual se analizaron las redes constitutivas de los genes CLOCK en por lo menos tres niveles: 1) los genes CLOCK centrales, 2) los genes moduladores de genes CLOCK centrales y 3) los genes controlados por los genes CLOCK centrales. Método: Mediante el uso de método de asociación amplia de genoma con umbrales permisivos se intentó establecer asociaciones significativas entre genes CLOCK y TB comparados con genes control, ademas de incluir asociaciones significativas entre genes CLOCK y TB comparados con genes control, además de incluir asociaciones con otras enfermedades que comparten rasgos clínicos y/o genéticos con el TB, como la Depresión Mayor (DM), Esquizofrenia (E), Trastorno por Déficit de Atención e Hiperactividad (TDAH). Luego de establecer estas asociaciones se compararon los resultados con un conjunto de genes sensibles al litio (Li) y otro grupo sensible a valproato (VPO). Las asociaciones entre TEB y respuesta al litio y/o valproato ...

Introduction. Circadian rythm abnormalities during bipolar disoder has prompetd the search for alterations in CLOCK genes responible for generating circadian rythms, which could be envolved with this complex issue of biipolar disorder. In spite of urgent search, no sinificative results ave been reached in genome wide association scales studies (GWAS). At least three rehaznos could account for this fact: first, genetic traits of complex pathology are usually poligenic, second circadian clock organization is far more complex than usually admitted, and third bipolar disorder genetic risk could be shared with other different diseases. Goals. Search for the possibiity of an association between genetic assemblies anormalies responsible for circadian clock rhythm generation and bipolar disorder. Whith that objective, CLOCK genes networks were analyzed n at least three levels: 1) central CLOCK genes, 2) central CLOCK genes modulators and 3) central CLOCK controlled genes. Method. Using GWAS with permissive tresholds and control comparison, a significative association between CLOCK genes and bipolar disorder was searched, including involvement with other diseases that share common (ADHD). After establishing these associations, results were compared for Lithium and valproate sensitive genes associations. Associations between bipolar disorder, CLOCK genes, lithium and valproate sensitive genes were enriched through comparisons with rhythmic, weakly rhythmic and arrhythmic genes. Results. Significative enrichments were found between CLOCK central genes, bipolar disorder and lithium and valproate sensitive genes, not incluiding CLOCK genes modulators. Associations between bipolar disorder, lithium and valproate sensitive genes and rhythmic genes also were significative, excluding weakly rhythmic and arrhythmic genes. GWAS analysis with flexible tresholds made possible the regognition of association between central CLOCK genes and bipolar disorder, identifying candidate ..

Modelagem conceitual do sistema de banco de dados ProteinWorldDB / Conceptual modeling of the database system ProteinWorldDB

Esta tese descreve o projeto conceitual do sistema de banco de dados ProteinWorldDB (PWDB). Um ponto importante da proposta do PWDB é permitir a construção de consultas e procedimentos no domínio da genômica comparativa sem a necessidade de comparação de sequências. Além disso, o PCG comparou milhões de sequências de proteína, incluindo o conjunto proteico total de centenas de genomas completos, utilizando programação dinâmica, e não um método heurístico, para os cálculos de similaridade. A estratégia do PCG, assim como a genômica, está fundamentada no conhecimento de que sequências biológicas por si só são pouco informativas; elas precisam ser analisadas a partir de um enfoque comparativo para a inferência de homologia. A comparação de sequências de diferentes organismos introduz uma perspectiva evolutiva ao processo, e o estudo comparativo de genomas completos pode ampliar a escala do conhecimento de um único processo biológico para o de sistemas biológicos complexos em células e organismos. Para responder eficientemente questões dessa natureza, o esquema conceitual apresentado associa bases de dados biológicos de referência aos índices de similaridade já pré-calculados e armazenados pelo PCGUtilizando um formato gráfico de fácil compreensão para representar conceitos e relacionamentos (diagrama ER), o esquema foi proposto para facilitar o planejamento de consultas e procedimentos por pesquisadores da área de genômica (sem conhecimento de linguagens de bancos de dados), assim como guiar o desenvolvimento e a implementação física do PWDB por profissionais da área de computação. Alguns exemplos são apresentados com o objetivo de demonstrar a utilização do esquema conceitual para a especificação de consultas e procedimentos, mesmo antes da existência de um esquema lógico...

This thesis describes the conceptual design of the database system ProteinWorldDB(PWDB). An important point of the PWDB proposal is to allow the construction of queriesand procedures in the field of comparative genomics without the need for sequencecomparison. Moreover, the PCG compared millions of protein sequences, including theentire set of proteins from hundreds of complete genomes using dynamic programming,rather than a heuristic method, for calculating similarityPCG‘s strategy, like that of genomic studies in general, is grounded in the knowledgethat biological sequences alone are uninformative. They need to be analyzed from acomparative approach to infer homology. The comparison of sequences from differentorganisms introduces an evolutionary perspective to the process and the comparativestudy of complete genomes can expand our knowledge from a single biological processall the way to complex biological systems in cells and organisms. To efficiently answerquestions of this nature, the conceptual schema links selected international referencebiological databases to similarity indexes already precomputed and stored by the PCG.By using an easily understandable graphic format to represent concepts andrelationships (ER diagram), the schema was proposed to help the design of queries andprocedures by genomic researchers (who may not have knowledge of databaselanguages) as well as to guide the development and physical implementation of thesystem by developers. Some examples are presented to demonstrate the use of theconceptual schema for specifying queries and procedures, even before the existence ofa logical schema. The schema can be easily extended. Additional modules can be inserted/removed toinclude other protein sequences comparisons projects that may benefit from theinformation provided by the schema´s central module. Likewise, new databases specificto different areas (-omics, for example) can be cross-referenced to the schema...